Mushroom Men: The Spore Wars Wii cuenta la historia de las Guerras Espora, entre distintas facciones de Mushroom Men. Nosotros tomaremos el control de un héroe Mushroom y nos enfrentaremos a varios niveles. Moviendo al protagonista por hostiles entornos, deberemos aprender a dominar sus movimientos y ataques especiales, con el fin de plantar cara a los distintos enemigos que se antepondrán en el camino.